دبيرخانه هيئت امناء، هيأت مميزه و شوراي پژوهشگاه از سه بخش به شرح ذيل تشكيل شده است :

هيئت امناء :
هيئت امناء‌ در پژوهشگاه براساس قانون تشكيل هيئت هاي امناء‌ در دانشگاه ها و موسسات آموزش عالي و پژوهشي مصوب شوراي انقلاب فرهنگي تشكيل شده و به موجب قانون، داراي اختيارات وسيعي در زمينه تصويب سازمان اداري، بودجه تفصيلي، كليه مقررات استخدامي و مالي است، اختيارات هيئت امنا به موجب بند الف ماده 49 قانون برنامه چهارم توسعه، وسعت بيشتري يافته است.

هيئت مميزه :
هيئت مميزه در پژوهشگاه بعنوان عالي ترين نهاد علمي محسوب مي شود كه به موجب پيوست شماره 1 آئين نامه ارتقا مرتبه "در خواست ارتقا به مراتب استادياري، دانشياري، استادي، احتساب سابقه خدمت، بورس و مأموريت تحصيلي و فرصت مطالعاتي اعضاي هيئت علمي " را مورد بررسي قرار مي دهد و موجبات پيشرفت و ترقي علمي پژوهشگاه را فراهم مي آورد. اولين دوره هيئت مميزه در سال 1380  با تصويب وزارت علوم، تحقيقات و فناوري تشكيل گرديد و هم اكنون چهارمين دوره هيئت مميزه پژوهشگاه در جريان است. لازم به يادآوري است پژوهشگاه سازمان انرژي اتمي اولين سازمان پژوهشي در ايران است كه مجوز تشكيل هيئت مميزه را از وزارت علوم، تحقيقات و فناوري دريافت كرده است.

شوراي پژوهشگاه :

شوراي پژوهشگاه در اجراي ماده 10  اساسنامه پژوهشگاه مصوب شوراي گسترش آموزش عالي تشكيل شده و اهم وظايف شورا عبارتند از ارزيابي نتايج و فعاليت هاي علمي پژوهشي، تأييد آئين نامه هاي مالي و معاملاتي، اداري، استخدامي و تشكيلاتي، بودجه تفصيلي، آئين نامه ها، دستورالعمل هاي پژوهشي و پيشنهاد تأسيس و يا انحلال گروه هاي پژوهشي براي طرح نهايي در هيئت امنا و ساير تصميمات اجرايي و پژوهشي است.