دفتر حقوقي و امورمجلس متشكل از اداره حقوقي و امور مجلس مي‌باشد. وظيفه اين دفتر از يك طرف انجام امور سازمان و از طرف ديگر هماهنگي امورمجلس، بطور كلي امور مرتبط با قوه تقنينيه، است. عناوين مهم وظايف اين دفتر عبارتند از:
1- راهنمايي واحدهاي تابعه سازمان نسبت به وظايف آنها در رابطه با مصوبات هيأت محترم دولت و مجلس محترم شوراي اسلامي و بطور كلي قوانين و مقررات جديدالتصويب
2- همكاري با واحدهاي تابعه سازمان در انجام اموري كه آثار و تبعات حقوقي و قضائي دارند
3- نمايندگي سازمان در كليه مراجع قضايي اعم از داخلي و يا خارجي با هماهنگي واحدهاي ذيربط سازمان
4- دفاع از حقوق سازمان و واحدهاي تابعه در مراجع قضايي و همچنين پاسخ به ادعاها و دعاويي كه از جانب اشخاص عليه سازمان طرح مي‌گردد
5- انجام هماهنگي‌هاي لازم فيمابين سازمان و مجلس شوراي اسلامي
6- پيگيري و تعقيب لوايح و طرح‌هاي سازمان در مجلس شوراي اسلامي
7- تهيه پاسخ به سؤالات، انتقادات، تذكرات و مكاتبات نمايندگان و كميسيون‌هاي مجلس شوراي اسلامي با همكاري واحدهاي ذيربط سازمان
8- حضور در كميسيون‌هاي مربوطه مجلس شوراي اسلامي