معاونیة العلاقات الاستراتیجیة والشؤون البرلمانیة
تقع مسؤولیة تنظیم کافة العلاقات بین منظمة الطاقة الذریة لایران مع کل الجهات داخل البلاد وخارجها على عاتق معاونیة العلاقات الاستراتیجیة والشؤون البرلمانیة.
   وفیما یتعلق بالعلاقات مع الخارج، فأن هذه المعاونیة تشرف على تنظیم العلاقات ومتابعتها مع الوکالة الدولیة للطاقة الذریة، والبلدان الاجنبیة.
   أما فی مجال العلاقات داخل البلاد، تقع مسؤولیة الاتصال بالسلط الثلاث، التنفیذیة، والتشریعیة، والقضائیة على عاتقهذه المعاونیة. کما تشرف المعاونیة على الانشطة القانونیة للمنظمة وتشارک فی اجتماعات اللجان المتخصصة الحکومیة المشکلة لهذا الغرض. ویوجد فی نطاق هذه المعاونیة مکتب الاتصال الوطنی بالوکالة الدولیة للطاقة الذریة.
تتکون المعاونیة من الاقسام التالیة:
-         مرکز الشؤون الدولیة.
-         مکتب شؤون المؤسسات النوویة.
-         مکتب الشؤون البرلمانیة.
-         مکتب الشؤون القانونیة والعقود.
-         مکتب اتصال الجمهوریة الاسلامیة الایرانیة بالوکالة الدولیة للطاقة الذریة.
-         ادارة المراسم.
مرکز الشؤون الدولیة:
   یقوم مرکز الشؤون الدولیة بمهمة مراقبة فعالیات مکاتب منظمة الطاقة الذریة لایران، فی فیینا وموسکو، کما یقوم بمتابعة المستجدات النوویة فی العالم، بغیة المواکبة والمشارکة فی مسیرة تنظیم واعداد الوثائق المتعلقة بالتعاون الثنائی او الجماعی، واجراء المفاوضات مع البلدان او المنظمات او الشرکات الاجنبیة، بصورة مباشرة او بالتنسیق مع وزارة الخارجیة. یضاف الى ذلک، اعداد العقود، والمعاهدات، والبروتوکولات وانواع الاتفاقیات الدولیة فی مجال العلوم والتقنیات النوویة، تندرج فی قائمة اهم الانشطة التی یقوم بها هذا المرکز.
  یشتمل مرکز الشؤون الدولیة على الدوائر التالیة:
-         ادارة المنظمات والوثائق الدولیة، المتصلة بالشأن النووی.
-         ادارة التعاون الدولی النووی.
-         ادارة الدراسات النوویة الدولیة.
 
مکتب الشؤون المؤسسات النوویة:
   یعتبر مکتب شؤونالمؤسساتالنوویة، الوحدة التنظیمیة (regulatory authority) للامور المتعلقة بالمعاهدة والامن النووی فی اطار منظمة الطاقة الذریة. وهو مکلف بحسن سیر الاعمال التنفیذیة، ومتابعة المعاهدات، والاتفاقیات، والعهود الدولیة المتصلة بالمعاهدة النوویة والامن النووی وکافة القضایا المتصلة بقواعد حظر الانتشار النووی.
   أما الدوائر التابعة لهذا المکتب هی:
-         مجموعة الحسابات ومراقبة المواد النوویة.
-         مجموعة المعاهدات الدولیة والشؤون القانونیة .
-         مجموعة السیطرة والاحتراس الفیزیائی من المواد النوویة.
   مکتب الشؤون القانونیة والعقود:
   إن المهام الموکلة بهذا المکتب، تشمل رفع القضایا المدنیة والعقابیة، بهدف استیفاء الحقوق القانونیة لمنظمة الطاقة الذریة، والاشراف على اعداد العقود، واصلاح القوانین والمقررات المتصلة بالمنظمة، وصیاغة العقود ومسودات النصوص الملزمة للمنظمة.
   یتکون المکتب من الاقسام التالیة:
-         مجموعة الامور القانونیة والقضایا الداخلیة.
-         مجموعة شؤون العقود.
-         مجموعة اصلاح القوانین والمقررات.
مکتب الشؤون البرلمانیة:
   مهمة هذا المکتب، تأمین الاتصال بین منظمة الطاقة الذریة ومجلس الشورى الاسلامی (البرلمان الایرانی) ولدیة قسمان:
-         مجموعة المشاریع ومسودات القوانین.
-         مجموعة الاتصال بالبرلمان والحکومة.
ادارة المراسم:
   تقوم هذه الادارة بکل الانشطة المتصلة بالمراسم، بما فی ذلک تنسیق استقبالات الضیوف الاجانب المتعاملین مع المنظمة، کما تقوم بتنسیق مهمات مسؤولی المنظمة واسفارهم الى خارج البلاد.